電泳槽是凝膠電泳系統的核心部分，其系統的迅猛發展主要也是體現在電泳槽上。根據電泳的原理，凝膠都是放在兩個緩沖腔之間，電場通過凝膠連接兩個緩沖腔。緩沖液和凝膠之間的接觸可以是直接的液體接觸，也可以間接通過凝膠條或濾紙條。管狀凝膠電泳和垂直板狀電泳大多采取直接液體接觸方式。這種方式可以有效地使用電場，但在裝置設計上有一些困難，如液體泄漏，電安全和操作麻煩等問題。水平板狀電泳槽大多通過間接方式，用濾紙橋搭接。
故障一、手工粘接電泳槽的鉑金電極孔處漏液
該處可能是因為電泳槽工作時間較長所至，對此應使用堵漏膠（稠合液）進行封堵即可。
故障二、模具水平電泳槽電極孔處漏液
檢查電極下的密封圈是否被螺絲擰緊在正確位置或已經損壞。如有損壞需更換密封膠圈。
故障三、電泳槽有機板粘接處漏液或開膠
有機板開膠此類情況不宜發生，若發現開膠我們可以就地取材使用三氯甲烷進行局部粘接，等膠粘劑凝固后再用堵漏膠粘劑（稠合液）進行封堵即可。
故障四、電泳槽密封條漏液（垂直槽）
一般情況下，電泳槽較窄的密封條不易漏夜，反之較寬的則比較容易漏，此時先檢查：
1、密封條是否老化或損壞，若已經老化或損壞，應更換密封條。
2、如果密封條完好無損，目測檢查密封條是否有凹凸不平現象，如果有應將密封條拆下進行重新安裝。安裝時注意不要拉扯密封條，使其自然地嵌入密封槽內，并保證安裝均勻，避免密封條出現凹凸現象。
3、如果緩沖液是從密封條的中間漏出，則說明漏處比兩邊凹（不在同一水平線上），我們則需要把密封條拆下，清理干凈槽內膠粘劑，然后再將薄厚相當的窄邊條（如0.4毫米）粘在槽內，以墊起凹下的密封條，使其與兩邊保持一致，此后再將密封條粘在槽內即可。
